1988–1999, ông là Viện trưởng, Viện Xã hội học Việt Nam
1989–2000, ông vừa cũng kiêm nhiệm Tổng biên tập Tạp chí Xã hội học
1990–2006, ông là thành viên nhóm tư vấn các thủ tướng Việt Nam là Võ Văn Kiệt và Phan Văn Khải.
Trong nhiều năm qua, ông thường xuyên viết các bài báo, phát biểu về các chủ đề văn hóa xã hội của Việt Nam, với hàng trăm bài viết về phát triển, hội nhập, giáo dục, văn hóa,... và được đánh giá là sắc sảo và thẳng thắn trên các báo, tạp chí[2]
Năm 2007, ông cùng với một số vị trí thức tên tuổi khác của Việt Nam như Hoàng Tụy, Nguyễn Quang A,...sáng lập nên Viện nghiên cứu Phát triển – IDS, một viện nghiên cứu tư nhân đầu tiên ở Việt Nam với vai trò nghiên cứu chính sách và phản biện.
Sau khi viện nghiên cứu IDS tự giải thể vào tháng 9 năm 2009 để phản đối quyết định số 97/2009/QĐ-TTg, ông tiếp tục đóng góp các bài viết phản biện trên tư cách cá nhân về chính trị, xã hội[3], giáo dục[4]
